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| 序号 | 项目名称 | 负责人 | 开始时间 | 终止时间 |
| 1 | 代数与群中若干基本问题的研究 | 卢才辉 | 1996 | 1999 |
| 2 | 基因工程发酵生产二硫键异构酶及脯氨酰顺反异构酶 | 高 音 | 1996 | 1999 |
| 3 | 菲的综合利用基础研究 | 张永华 | 1997 | 1999 |
| 4 | 新型可溶固定相分离方法研究 | 谷学新 | 1997 | 1999 |
| 5 | 当代复几何分析中的若干问题 | 殷慰萍 | 1997 | 2000 |
| 6 | 合成彩虹全息复制方法的研究 | 付怀平 | 1997 | 2000 |
| 7 | 拟南芥生殖细胞分化与发育过程中与营养细胞的互作 | 罗玉英 | 1997 | 2000 |
| 8 | CoNi基多层膜的各向异性磁电阻效应 | 王艾玲 | 1998 | 2000 |
| 9 | 激光表面增强光谱技术在双分子层膜基传感器件中的应用 | 方 炎 | 1998 | 2000 |
| 10 | 中国顶蒴双齿藓孢子形态的系统研究 | 杜桂森 | 1998 | 2000 |
| 11 | 薄膜生长的统计理论和应用研究 | 胡 颖 | 1998 | 2001 |
| 12 | 解混合型方程的区域分解法 | 顾金生 | 1998 | 2001 |
| 13 | 小波在多元逼近中的应用 | 汪和平 | 1998 | 2001 |
| 14 | 小麦根细胞缺铁调节蛋白的基因克隆与鉴定 | 印莉萍 | 1998 | 2001 |
| 15 | KAC-MOODY代数的表示与量子群 | 王志玺 | 199909 | 200207 |
| 16 | 拓扑不动点理论与三维流形上的动力系统 | 赵学志 | 199909 | 200207 |
| 17 | 玉米根硝酸还原酶的功能组装及电化学研究 | 邵会波 | 199909 | 200207 |
| 18 | FTSZ 基因控制叶绿体分裂的作用机理 | 何奕昆 | 199909 | 200208 |
| 19 | 北京市西南地区水中有毒有机污染物研究 | 王学琳 | 199909 | 200208 |
| 20 | 非线性发展方程行波解、平衡解的定性研究及数值计算 | 吴雅萍 | 199909 | 200208 |
| 21 | 酒精废水生物处理添加固定化甲烷八叠球菌的标准研究 | 杨秀山 | 199909 | 200208 |
| 22 | 群表示论及群与图中若干问题的研究 | 杜少飞 | 199909 | 200208 |
| 23 | 中国紫草科植物花粉形态与演化的研究 | 刘家熙 | 199909 | 200208 |
| 24 | 北京地区中生代晚期昆虫群落演替与古环境重建 | 任 东 | 200001 | 200312 |
| 25 | 多复变函数与动力系统中若干问题的研究 | 李庆忠 | 200009 | 200307 |
| 26 | 北京西山黄土中高分辨率的生态环境演化过程研究 | 魏明建 | 200009 | 200308 |
| 27 | 带权球面调和展开与有限反射群 | 李中凯 | 200009 | 200308 |
| 28 | 抗癌药Raltitrexed衍生物的设计，合成与活性研究 | 曹胜利 | 200009 | 200308 |
| 29 | 小麦编码优质HMW谷蛋白亚基基因的克隆与鉴定 | 晏月明 | 200009 | 200308 |
| 30 | 现代调和分析方法及其在偏微分方程中的应用 | 谌稳固 | 200109 | 200212 |
| 31 | 植物根际促生细菌的多元交互作用及其机理研究 | 宋 未 | 200109 | 200408 |
| 32 | RNA多聚酶III在高等动物细胞核中转录位点的研究 | 张飞雄 | 200109 | 200408 |
| 33 | 密云水库周边地区不同景观生态下土地利用优化模式 | 华 珞 | 200109 | 200408 |
| 34 | 现代复几何分析 | 殷慰萍 | 200109 | 200409 |
| 35 | 图在曲面上的若干性质 | 李德明 | 200109 | 200409 |
| 36 | 1:13型Fe基稀土-过渡族金属间化合物磁熵变研究 | 胡凤霞 | 200109 | 200409 |
| 37 | 手性钼配合物的仿生合成与抗癌活性研究 | 鲁晓明 | 200109 | 200409 |
| 38 | 随机流与实算子代数中的概率问题 | 李民丽 | 200201 | 200406 |
| 39 | 临界点理论与非线性微分方程 | 苏加宝 | 200201 | 200412 |
| 40 | 热敏计算机直接制版版材 | 张存林 | 200201 | 200412 |
| 41 | 铕、铽——药物配合物发光特性及药物敏化化学发光法 | 李 夏 | 200201 | 200412 |
| 42 | 极端生境藓类代表种的功能基因组分析及抗逆性基因克隆 | 何奕昆 | 200201 | 200412 |
| 43 | 生物质气化洗焦废水的微生物降解 | 杨秀山 | 200201 | 200412 |
| 44 | 北京空气花粉污染的研究 | 刘家熙 | 200201 | 200412 |
| 45 | 不精确推理理论研究 | 王万森 | 200301 | 200506 |
| 46 | 北京地铁杂散电流腐蚀防护研究 | 李永刚 | 200301 | 200512 |
| 47 | 不动点理论及相关问题 | 赵学志 | 200301 | 200512 |
| 48 | 光子晶体中光子与原子的相互作用 | 王福合 | 200301 | 200512 |
| 49 | 应用THz辐射技术进行玉米种子纯度及真伪鉴定研究 | 沈京玲 | 200301 | 200512 |
| 50 | 具有核酸切割功能的新型双核及多核金属配合物研究 | 聂峰梅 | 200301 | 200512 |
| 51 | 蚜虫报警信息素制备工艺、剂型及应用研究 | 张钟宪 | 200301 | 200512 |
| 52 | 北京与邻区中生代脉翅目昆虫化石研究 | 任 东 | 200301 | 200512 |
| 53 | 羊肚菌的生物学特性研究 | 范 黎 | 200301 | 200512 |
| 54 | 北京浅层地下水变化的湿地生态效应与重点湿地恢复 | 宫辉力 | 200301 | 200512 |
| 55 | 粗山羊草特异谷蛋白亚基质谱分析及编码基因的分子克隆 | 晏月明 | 200401 | 200412 |
| 56 | 不可压流体中一些数学问题的研究 | 酒全森 | 200401 | 200612 |
| 57 | 非交换代数与量子计算的若干问题研究 | 王志玺 | 200401 | 200612 |
| 58 | 偏微分方程的高精度数值解法 | 罗振东 | 200401 | 200612 |
| 59 | 气体动力学中的有限体积格式和高维非线性波的数值研究 | 李杰权 | 200401 | 200612 |
| 60 | 富勒烯及其衍生物吸附行为与薄膜界面特性光谱学研究 | 方 炎 | 200401 | 200612 |
| 61 | 喹唑啉酮衍生物的设计、合成与抗肿瘤活性研究 | 曹胜利 | 200401 | 200612 |
| 62 | 用非损伤型铁微电极系统鉴定转铁基因生物的铁吸收机理 | 印莉萍 | 200401 | 200612 |
| 63 | 基于地理信息系统的三维动态显示研究 | 张 晶 | 200401 | 200612 |
| 64 | 非线性发展方程行波解平衡解的稳定性研究 | 吴雅萍 | 200501 | 200712 |
| 65 | 具有变分结构的微分方程若干问题 | 苏加宝 | 200501 | 200712 |
| 66 | 有限群在组合结构上的作用 | 杜少飞 | 200501 | 200712 |
| 67 | 与有限反射群相关的调和分析 | 李中凯 | 200501 | 200712 |
| 68 | 大环多酸超分子分子组装和光电磁性质研究 | 鲁晓明 | 200501 | 200712 |
| 69 | X射线锥束CT及其应用研究 | 张 朋 | 200501 | 200712 |
| 70 | 拟南芥minC基因克隆及对FtsZ等蛋白定位的影响 | 何奕昆 | 200501 | 200712 |
| 71 | 免疫生物电化学法测定畜产品中残留β－内酰胺类抗生素 | 马 洁 | 200501 | 200712 |
| 72 | 分离自菜豆等宿主的根瘤菌与土壤杆菌的关系 | 韩素贞 | 200501 | 200512 |
| 73 | 多元函数逼近与q-算子逼近 | 汪和平 | 200601 | 200812 |
| 74 | 等离子体－质谱测定环境样品中铂族金属形态分布的研究 | 朱若华 | 200601 | 200706 |
| 75 | 基于数据挖掘和公式发现的智能教具研究 | 关 永 | 200601 | 200812 |
| 76 | 密云水库和官厅水库微生物多样性分析 | 李艳红 | 200601 | 200812 |
| 77 | 算子逼近中的保形问题 | 张春苟 | 200701 | 200912 |
| 78 | 自旋阻挫氧化物单晶制备及物理特性研究 | 王爱华 | 200701 | 200912 |
| 79 | 单晶si上钙钛矿锰氧化物异质结的生长和磁场响应特性 | 胡凤霞 | 200701 | 200912 |
| 80 | 微孔镧系配位聚合物的构筑，吸附和上转换发光性能 | 李 夏 | 200701 | 200806 |
| 81 | 太赫兹电磁波产生与探测的机理和应用研究 | 赵国忠 | 200701 | 200806 |
| 82 | 用线粒体和核糖体基因序列分析重建斑痣盘菌目系统学 | 侯成林 | 200701 | 200912 |
| 83 | 珍稀食药用真菌羊肚菌的营养方式研究 | 范 黎 | 200701 | 200912 |
| 84 | 小麦WS-6亚基对面筋品质的影响及其分子机理研究 | 晏月明 | 200701 | 200912 |
| 85 | 京津冀都市圈生产性服务业与制造业互动机理研究 | 申玉铭 | 200701 | 200912 |